De database: Een Europees bestand van ziekteverwekkende bacteriesoorten

De database: Een Europees bestand van ziekteverwekkendebacteriesoorten

Brisse: "De wereld telt een enorme variëteit aanbacteriën. Wij kennen ongeveer vijfduizend soorten -bijvoorbeeld de legionella- en de salmonellabacterie - , maarwaarschijnlijk is dat nog geen vijf procent van het totale aantal.Daar komt dan nog bij dat elke soort weer kan worden onderverdeeldin een groot aantal verschillende stammen die qua genetischestructuur allemaal een klein beetje van elkaar verschillen. Er isdus niet één salmonella-bacterie, maar er zijn duizenden,zo niet tienduizenden stammen, waarvan de ene veel gevaarlijker isdan de andere. Van de ene stam krijg je alleen een beetje diarree,terwijl je van andere stammen doodziek kunt worden en soms zelfskunt doodgaan.

"Een groot probleem in de wereld is het snel groeiende aantalvan nu al zo'n tweehonderd bacteriesoorten die resistent zijngeworden tegen antibiotica, de `superbugs' zoals wij ze noemen.Natuurlijk wordt er veel onderzoek verricht naar nieuwe methoden omdie bacteriën te bestrijden, maar zolang dat onderzoek geensucces heeft, is het van groot belang om in geval van een infectiete weten met wat voor bacteriestam we te maken hebben. Maar eengroot probleem is dat al die stammen nergens op een uniforme manierstaan beschreven. Als op verschillende plaatsen in Europa dezelfdebacterie opduikt, is het op dit moment onmogelijk om te bepalen ofhet om één en dezelfde stam gaat, omdat ze overal andersworden genoemd.

"Vandaar dat wij zijn gestart met een project om een Europesedatabase in het leven te roepen, waarin zoveel mogelijkbacteriestammen op een éénduidige manier staanbeschreven. We willen dat doen door middel van `geneticfingerprinting'. Dat wil zeggen dat we een bepaald deel van het DNAvan de bacterie analyseren en het unieke genetische patroon vanelke stam in de database opslaan, voorzien van een naam en eenbeschrijving van de eigenschappen. Vroeger moest die analysehandmatig worden uitgevoerd, maar sinds vorig jaar hebben we eenmachine die de klus in acht uur vrijwel volledig automatischklaart.

"Inmiddels hebben negen andere Europese centra ook zo'n apparaataangeschaft en de bedoeling is nu om al onze informatie inééngezamenlijke database op internet toegankelijk temaken. Op dit moment zijn vijfduizend stammen gekarakteriseerd,waarvan wij er in Utrecht tweeduizend voor onze rekening hebbengenomen. Maar op termijn moet die verzameling onder de naam GENE(Genetisch Epidemiologisch Netwerk voor Europa) uitgroeien totdé wereldwijde database van resistente bacterieën.

"Zo'n database is om een aantal redenen van belang. In de eersteplaats kan elke arts die een bacterie bij een patiënt ontdekt,straks via internet nagaan of het DNA-patroon van die bacterieovereenkomt met dat van een resistente stam, en of hij dus extramaatregelen moet treffen. Maar bovendien kunnen we dankzij diedatabase straks ook de verspreiding van bacterieën door Europavolgen, zodat we weten welke stammen zich gemakkelijk verspreidenen voor welke we in dat opzicht minder beducht hoeven te zijn. Inde Verenigde Staten bestaan weliswaar soortgelijke netwerken, maardie zijn kleiner en gespecialiseerd op één soortbacterie. Als we van de Europese Unie geld krijgen om dit projectte starten, zou het voor het eerst zijn dat er een poging wordtgedaan om alle ziekteverwekkende bacteriesoorten in ééndatabase onder te brengen."

EH