Annetje Ottow was vicevoorzitter van het College van Bestuur van de Universiteit Utrecht. Zij bekleedde deze functie van 1 januari 2018 tot 1 oktober 2020. Daarvoor was zij sinds september 2014 decaan van de faculteit Recht, Economie, Bestuur & Organisatie (Rebo).
Ottow is sinds oktober 2020 collegevoorzitter van de Universiteit Leiden.